El salto definitivo a la élite se produjo en 1999, con la llegada de Bozidar Maljkovic al banquillo cajista: subcampeón de la Copa Korac en 2000, campeón en 2001 y subcampeón de la Liga ACB en 2002. A ese triunfo europeo hay que sumar la Copa del Rey obtenida en 2005, con Sergio Scariolo en el banquillo y Jorge Garbajosa como jugador referencia del equipo, junto a otros como Carlos Cabezas, Berni Rodríguez, Stéphane Risacher, Pepe Sánchez, Fran Vázquez, Walter Herrmann o Bremer.