Tras terminar cuarto en el «Final Four» de las Ligas de las Américas, el equipo terminó la Liga Nacional en la tercera posición de la conferencia sur, y fichando al uruguayo Martín Osimani de cara a los play-offs. Al finalizar el Súper 20 con una pésima actuación del conjunto «milrayita» (quedando fuera en primera ronda de play-offs) también hace su retorno a la institución otro referente como Kyle Lamonte, otro multicampeón con la casaca de «Peña». Pasada la Sudamericana, el milrayitas clasificó al Súper 8, que se jugó en San Martín, Mendoza. El equipo logró clasificarse al Súper 8 en los dos últimos partidos, donde venció en ambos a Quilmes, y además terminó como el segundo de la Conferencia Sur.
Quilmes, que venía de ascender en la temporada pasada, accedió mediante la reclasificación, mientras que el milrayitas se encontraba como favorito a avanzar ya que fue segundo en la fase regular. La serie más esperada de la temporada comenzó con dos juegos en el «José Jorge Contte» de Corrientes, donde el local ganó el primero, y el visitante el segundo. Tras ello, se enfrentó al segundo de la conferencia, Gimnasia Indalo, primero en Comodoro, donde el milrayitas ganó el primero, pero luego el equipo patagónico ganó los siguientes tres, tiendas de baloncesto en barcelona para así avanzar de fase. En el Ginásio Lineu de Moura de São José dos Campos, el milrayitas derrotó al Fuerza Regia de México y en su segundo partido a los Leones Alcaldía de Managua. Antes de comenzar el 2013 el milrayitas junto con otros tres equipos argentinos decidieron bajarse de la Liga de las Américas. Ya en 2013 le tocó enfrentarse nuevamente con Quimsa, ahora por los cuartos de final.
El elenco de Julio Lamas consiguió 18 victorias en 30 partidos durante la segunda ronda, que sumados al puntaje que arrastró de la primera ronda, le sirvieron para acceder a cuartos de final de manera directa. Llegó al tercer partido ya clasificado y en un encuentro cerrado logró derrotar al local São José por un punto de diferencia, terminado el grupo con puntaje ideal. En la segunda fase de la Liga Sudamericana integró el Grupo F, totalmente argentino, disputado en el Estadio Obras Sanitarias, donde finalizó primero por diferencia de tantos, avanzando así al «Final Four». Y no es para menos tras 20 años al frente del equipo, dejando obras de arte maravillosas que quedarán para siempre en la retina de cualquier aficionado al baloncesto de élite.
Con Javier Imbroda en el banquillo, y con jugadores como Nacho Rodríguez, Sergei Babkov, Mike Ansley o Kenny Miller, el equipo acabó subcampeón de la liga ACB frente al FC Barcelona. Ingresó a la Serie C, donde debutó el 24 de junio frente a Gimnástico. La serie se jugó en el Poli, donde Quilmes ganó el primero y Peñarol los tres restantes, clasificando así a las semifinales. Más tarde se cerraron contratos con Axel Weigand, Adrián Boccia, el puertorriqueño Isaac Sosa y Martín Leiva entre otros, entre las bajas se destacó Marcos Mata. Entre los jugadores estelares, el equipo renovó con Leonardo Gutiérrez, mientras que Adrián Boccia y Martín Leiva abandonaron la institución. Tras la temporada 2016-2017 y el retiro de Leo Gutiérrez, éste se hizo cargo del equipo y asumió como entrenador principal del primer equipo.
El elegido fue Fernando Rivero, que venía de ser el ayudante del técnico principal del equipo desde el 2005. El equipo tan solo contaba con Campazzo, Giorgetti y Leo Gutiérrez para ese entonces. Tras esta temporada, Fernando Rivero dejó el cargo de técnico. Otra baja fue el retiro de Gabriel Fernández, que dejó la Liga Nacional para jugar el Torneo Federal y estar más cerca de su familia. 22:31 Gabriel Deck: «Ellos están encontrando buenos tiros pero en líneas generales estamos bien». Gabriel Piccato como el entrenador del principal equipo. A mediados de temporada se desvinculó Piccato y fue reemplazado por Carlos Romano, quien así llega a su tercer ciclo en el club.