Federación Universitaria de Fútbol; como una asociación de los equipos representativos de las Facultades de la Universidad de San Marcos y las Escuelas Especiales de Ingeniería, Agronomía y Normal Central. Federación Peruana de Fútbol y la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional. De ahí que, conjuntamente con la Liga Peruana de Fútbol, la Asociación Amateur, la Liga Chalaca, Circolo Sportivo Italiano y Lima Cricket and Football Club, conformaron la Federación de Fútbol. En 1950 se llevó a cabo el último campeonato en la era amateur, donde Universitario de Deportes finalizó en el quinto lugar con nueve victorias, dos empates y siete derrotas. En 1967, consiguió su tercer bicampeonato con tres fechas de anticipación, obteniendo veinte victorias, un empate y cinco derrotas; el último encuentro lo disputó ante Sport Boys y finalizó con un marcador de 2:1 a favor de los cremas.

El 19 de abril de 1961, debutó en la Copa Libertadores de América en un encuentro disputado en la ciudad de Montevideo ante el Club Atlético Peñarol, que finalizó con marcador de 5:0 a favor de los locales. Una vez reanudado, Universitario de Deportes consiguió el título tras vencer en los dos últimos encuentros al Club Atlético Chalaco y Alianza Lima por 1:0 y 3:1 respectivamente. La final la disputó contra el Club Atlético Independiente de Argentina. Para la temporada 2019 asumió la presidencia del club José Decurnex. En 1954, Plácido Galindo asumió la presidencia del club, en lo que fue el primero de sus tres períodos al mando de la institución.

Universitario formó parte del grupo 4 junto con Alianza Lima, Universidad de Chile y Unión San Felipe. Hasta el final de la década, solo realizó campañas irregulares en los torneos nacionales, que fueron dominados por Alianza Lima y Sport Boys. En su debut oficial en la NBA, en el partido que enfrentó a los Grizzlies contra San Antonio Spurs el 31 de octubre de 2007 anotó 9 puntos en 17 minutos. Esa explosividad entrenada durante el verano ha podido verse en algunas fases del Mundial, donde el pívot promedia 7,5 puntos en 13 minutos de juego. En la Copa Libertadores 1972, el club consiguió avanzar hasta la final del torneo con un equipo suplente, pues sus principales futbolistas se encontraban con la selección de fútbol del Perú en la denominada «Gira de los Tres Continentes».

En 1929, el campeonato solo contó con la participación de doce equipos debido a la suspensión de Alianza Lima por negarse a ceder a sus futbolistas a la selección. El campeonato de 1941 contó con la participación de ocho clubes y se disputó mediante dos rondas con encuentros de ida y vuelta. Sin embargo, en la decimosegunda fecha el torneo fue suspendido debido a la participación del seleccionado nacional en el Campeonato Sudamericano de aquel año. Aquel año los cremas establecieron un récord: se mantuvieron treinta y seis partidos en calidad de invictos. En el año 2010, la Confederación Sudamericana de Fútbol consideró a la «U» como uno de los equipos de mayor tradición en la Conmebol. «Federación Universitaria de Fútbol» por un grupo de jóvenes estudiantes de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Hasta la fecha es el equipo que ha obtenido la mayor cantidad de campeonatos nacionales de Perú, con un total de veintiséis títulos.